Вторичное заражение может происходить в результате контакта больных плодов со здоровыми. В последние годы, возможно, в связи с появлением более агрессивных форм заболевания болезнь может распространяться не только на сам плод, но и на кольчатку, к которой он прикреплен. В этом случае чернеют листья и засыхает вся кольчатка. Вероятно, монилиоз приоткрывает ворота для более опасной инфекции - цитоспороза, когда через больную кольчатку происходит дальнейшее поражение целой ветви.
Учитывая, что воротами для инфекции являются разнообразные повреждения покровов плода, очевидно, что защитные мероприятия должны быть направлены на их предотвращение. Прежде всего необходимо бороться с вредителями, повреждающими плоды (плодожорки, пилильщики, отчасти листовертки и жуки-долгоносики). Это подразумевает полный комплекс защитных мероприятий после окончания цветения. Проводят не менее двух опрыскиваний, основной целью которых является уничтожение плодожорки: первое - через 5-7 дней после цветения, второе - через 2 недели после предыдущего. Для сдерживания развития монилиоза в раствор при опрыскивании добавляют фунгициды (топаз, байлетон).
Для предотвращения вторичного заражения регулярно удаляют загнившие плоды. Это важно еще и для того, чтобы предупредить заражение цитоспорозом.
Существует определенная предрасположенность сортов к заболеванию плодовой гнилью. Так, например, сильно поражаются сорта яблони Антоновка обыкновенная, Оттава-341; у груши - Ильинка, Румяная, Кедрина.